What is Schrödinger

Schrödinger is a Molecular Modeling Platform

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bwGRID Anpassungen / adaptations

Installation von Schrödinger

1) Installation von Schrödinger

Installiert werden sollte eine vollständige Schrodinger Version, auch wenn nicht für alle Teile der Schrodinger Distribution Lizensen vorhanden sind. Schrodinger kann unter http://www.schrodinger.com/ runtergeladen werden, dafür wird ein Account benötigt, den man problemlos anlegen kann. Die vollständige Version von Schrodinger hat im Download eine Größe von über 2GB. Die Installation erfolgt wie im Installation Guide beschrieben. Um Schrodinger zu starten muss die Umgebungsvariable SCHRODINGER gesetzt werden, die auf den Installationspfad von Schrodinger zeigt. Dies wird auch am Ende der Installation nochmal erwähnt. Man sollte danach unbedingt den Installation check (wie nach der Installtion angegeben) laufen lassen, um die Richtigkeit der Installation zu überprüfen.

2) Voraussetzungen zum abschicken von Jobs auf den Cluster

Um von der Workstation aus Schrodinger auf dem Cluster (hpc-bw) laufen zu lassen wird zunächst ein Accout auf hpc-bw benötigt. Außerdem muss auch das passwortlose login von der Workstation zum Cluster hpc-bw funktionieren.

3) Configuration von Schrödinger für abschicken der Jobs auf den Cluster

Im Installationsverzeichnis existiert eine Datei schrodinger.hosts. Diese sollte nach $HOME/.schrodinger/ kopiert werden. Im schrodinger.hosts file unter .schrodinger/ müssen nun die Informationen für den Cluster und das License-File eingetragen werden.

Anschließend sollte man wieder das installation_check.pl script ausführen, allerdings mit den optionen "-testall" und "-license"

# license-file informationen
env: SCHROD_LICENSE_FILE=40047@flexlm2.zdv.uni-tuebingen.de
# Name des Clusters (wie er angezeigt werden soll in maestro)
name: hpc-bw
# Name des Hosts (Wirklicher Name des Clusters)
host: hpc-bw
# Username auf hpc-bw
user: Username
# Schrodinger installtionspfad auf hpc-bw
schrodinger: /opt/bwgrid/chem/schrodinger/Suite_2009u2
# tmpdir auf den knoten
tmpdir: /tmp
# Art des Batchsystems
queue: PBS
# Anzahl der zur verfügung stehenden Prozessoren
processors: 1008